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吉林大学中日联谊医院成立于1949年11月，前身是中国人民解放军长春医科大学外科学院，位于长春市新民大街829号。1993年7月，医院主体迁入长春市仙台大街126号，从而形成了总部、二部(位于新民大街)、三部(位于开运街1433号)三位一体的格局，其中总部占地面积20.19万平方米，建筑面积13.44万平方米。

吉林大学中日联谊医院是由吉林省人民和长春市人民拨地、卫生部投资基建、日本无偿援助价值26亿日元先进设备而共同兴建的，新医院的建成是中日两国人民、两国友谊的结晶，医院被命名为“白求恩医科大学第三临床学院(中日联谊医院)”。2000年6月，吉林大学、白求恩医科大学等5所高校合并组建新吉林大学，医院易名为“吉林大学中日联谊医院”。

吉林大学中日联谊医院建院近60年来，吉林大学中日联谊医院建设有了长足的发展，确立了外科系统、微创治疗、肿瘤放射治疗在吉林省乃至东北地区的优势地位。医院现有在职职工1501人，其中医务人员1181人，具有职称的医务人员274人，其中教授80人，副教授156人。医院现开放床位1550张，设有急救医学科、骨科、心血管外科、胸外科、泌尿外科、男性生殖医学科、乳腺外科、肝胆胰外科、胃肠外科、肛肠外科、腹腔镜外科、神经外科、手神经外科、血管外科、显微整形外科、整形美容科、手修复外科、手关节外科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、风湿免疫科、肿瘤血液内科、放射治疗科、脑血管病介入科、感染科、内分泌内科、神经内科、干部科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉、头颈外科、口腔科、皮肤科、感染科、中医科、糖尿病科、康复科、输血科、科、核医学科、放射线科、电诊科、镜检科、病理科、检验科、中心研究室48个临床、医技科室。

吉林大学中日联谊医院装备有核磁共振扫描仪(MRI)、64排螺旋CT、数字平板血管造影系统、全数字化电子直线加速器、三维数字化C形臂X光机、实时三维心脏超声影像系统、计算机放射成像系统(CR)、全自动生化分析仪、流式细胞仪等先进诊疗设备千余台(套)。医院年门诊量70余万人次，年出院4.2万人次，年手术1.5万人次，患者平均住院日12.2天。

吉林大学中日联谊医院被中华人民共和国卫生部、联合国儿童基金会、世界卫生组织评定为“爱婴医院”，是卫生部国际紧急救援中心网络医院，国家药品临床研究基地，是吉林省国家紧急救援培训鉴定中心、紧急救援定点医院。吉林省和吉林大学的一些医疗、科研机构设在该院，如吉林省外科研究所、吉林省创伤骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖医学研究所、吉林省介入放射学研究所;吉林省肾脏移植与血液净化研究中心、吉林省医学影像工程技术研究中心；吉林省创伤骨科治疗中心、吉林省人工关节治疗中心、吉林省前列腺疾病防治中心；吉林省骨科质量控制中心、吉林省风湿免疫质量控制中心、吉林省放射诊疗质量控制中心、吉林省质量控制中心；吉林大学前列腺疾病防治研究中心、吉林大学手外科疾病诊疗中心、吉林大学角膜移植中心、吉林大学乳腺甲状腺外科疾病诊疗中心、吉林大学肝胆胰外科疾病诊疗中心等。

吉林大学中日联谊医院神经病学是教育部高等学校重点学科；骨科学、耳鼻咽喉—头颈外科学是卫生部重点建设学科；内科学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、临床检验诊断学、影像医学与核医学是吉林省教育厅普通高等学校重点学科。医院中心研究室是国家中医药管理局分子生物学三级科研实验室，是吉林省人民法院、长春市中级人民法院亲子鉴定指定实验室。医院检验科是卫生部临床检验中心的临床基因扩增检验实验室。吉林省临床分子生物学重点实验室、吉林省心血管病重点实验室、吉林省消化系病重点实验室、吉林省创伤骨科重点实验室、吉林省整形外科重点实验室、吉林省耳鼻咽喉-头颈外科重点实验室、吉林省医学影像重点实验室设在医院。医院主办的《中国实验诊断学》杂志是中国科技核心期刊。

吉林大学中日联谊医院同时作为临床教学医院——吉林大学白求恩医学院第三临床学院，拥有19个教研室，承担着临床医学专业与日语医学专业本科生教学任务。医院是临床医学专业博士学位、硕士学位试点单位，拥有博士学位授权专业9个，硕士学位授权专业27个，临床医学博士后科研流动站1个；博士研究生导师19名